生命情報学特論[19K3128]

科目名
Course Title
生命情報学特論[19K3128]
Special Lectures on Bioinformatics
授業言語
Language
Japanese,English
科目区分・科目種 生命科学コース クラス ライフ
CCBM   キャリアデザイン  
単位数 2.0単位 履修年次 12

担当教員 由良 敬
学期 前期
曜日・時限・教室
木曜 5 6 @共通講義棟1号館106室 A共通講義棟1号館107室

受講条件・その他注意
この講義では、 Michael SHEETZ and Hanry YUの「The Cell as a Machine」を輪読します。第1回の講義(4月11日)にはかならず出席して、講義の進め方や分担を確認してください。

授業の形態
講義,演習

教科書・参考文献
「The Cell as a Machine」(Michael SHEETZ and Hanry YU)」
https://www.cambridge.org/core/books/cell-as-a-machine/1AA959ACDC4A7BD7EB215FD7C8DF5D60#

評価方法・評価割合
期末試験=70%,発表=20%,授業への参加態度=10%

主題と目標
生命をタンパク質を始めると生体高分子の集合体してととらえ、それぞれの分子がどのような構造をしているのか、またどのような仕組みで生体活動の根源となる機能を実現しているのかを学ぶ。具体的には、「The Cell as a Machine」(Michael SHEETZ and Hanry YU)を輪読し、受講者全員で内容の考察を行う。第1回の講義で全受講者に担当章を割り当て、担当日に受講者が口頭発表する。講義の最中にテキストの翻訳をすることがないように、事前にレジメをつくって講義に臨むことを期待する。毎回、各章にある問題を宿題として出題し、次の週に解説をおこなう。なお、講義の進行予定は、輪読の進行状況に応じて変更する。

授業計画
第1回の講義日において、教科書の15章分を出席者人数で割り振り、以後の授業計画を決定する。各章を1〜2名で分担することになる予定。担当した章を事前に読みよく理解した上で、各回においてパワーポイント等を使って手際よくかつわかりやすく発表すること。発表言語は日本語または英語とする。その後に出席者との質疑応答に基づいて、教員が発表者の理解度を測定する。7月にレポート試験を出題し、最終回に回答を提出してもらう。発表、毎回の質問状況、およびレポート試験の結果に基づいて、成績評価を行う。

The Cell as a Machine (Michael SHEETZ and Hanry YU)
1 Robust self-replicating machines shaped by evolution
2 Complex functions of robust machines with emergent properties
3 Integrated complex functions with dynamic feedback
4 Cells exhibit multiple states, each with different functions
5 Life at low Reynolds number and the mesoscale leads to stochastic phenomena
6 Engineering lipid bilayers to provide fluid boundaries and mechanical controls
7 Membrane trafficking: flow and barriers create asymmetries
8 Signaling and cell volume control through ion transport and volume regulators
9 Structuring a cell by cytoskeletal filaments
10 Moving and maintaining functional assemblies with motors
11 Microenvironment controls life, death, and regeneration
12 Adjusting cell shape and forces with dynamic filament networks
13 DNA packaging for information retrieval and propagation
14 Transcribing the right information and packaging for delivery
15 Turning RNA into functional proteins and removing unwanted proteins


時間外学習
自分の分担分のみではなく、本のすべての章を独力で読んでおくこと。

学生へのメッセージ
ご自分の担当章は、パワーポイント等を使って手際よくかつわかりやすく発表すること。発表言語は日本語または英語です。内容を読み取り、わかりやすくまとめる力は、社会のいろいろな局面で必要になります。