科目名 Course Title	生命情報学演習［22K3129］ Practice on Bioinformatics
授業言語 Language	Japanese，English
科目区分・科目種	生命科学コース	クラス	ライフ
コンピテンシー		ｶﾗｰｺｰﾄﾞ
単位数	2.0単位	履修年次	1〜2年

担当教員	由良　敬
学期	前期
曜日・時限・教室	木曜 7 〜 8 限 �@共通講義棟1号館106室 �A共通講義棟1号館107室

受講条件・その他注意
演習時間中にゲノム解析ツールを自らのＰＣにインストールするので、ＰＣを持参すること。また一般のツールでは解析仕切れないことも行うので、スクリプト言語であるPythonを使えることを前提とする。実際にpythonを利用する際には簡単な復習は行う。なお、演習の進行は、受講者の理解度に応じて変更する。各回の最初または最後に、受講者による進捗状況発表会を実施する。

授業の形態
講義，演習，対面授業のみ

教科書・参考文献
特に指定しません。毎回ウェブの解説を参考にしながら演習を進めます。

ＡＬＨ区分
ＡＬＨとして実施

評価方法・評価割合
小論文（レポート）=20%，発表=60%，授業への参加態度=20%

主題と目標
各自のノートＰＣ（持ち込み）を利用して、ゲノム塩基配列解析を演習する。この演習では、お茶の水女子大学湾岸生物教育研究センター周辺に生育する真核生物のゲノム塩基配列データを出発点として、自らアセンブリやアノテーションを実施する。解析結果を学術論文に投稿することをめざす。

授業計画
ゲノム塩基配列生データ（fastq）を出発点にして、各回に少しずつゲノムをくみ上げていきます。授業中にできることは、ジョブを開始すること程度であり、実際のジョブの実行は次の回までの間におこなっていくことになります。お茶大スパコン「茶園」も利用して実施しますので、事前に茶園のアカウントを作成する必要があります。全員で同じゲノムをくみ上げるのか、各自が異なる生物種を取り扱うのかなど、進行方法は初回に決定します。

時間外学習
ゲノムビッグデータを取り扱う技術は、これからのライフサイエンスには必須である。日頃から大型データを取り扱うプログラミング能力を高めておいてください。

学生へのメッセージ
・統計およびプログラミングの技術をもっていることは、就職を含め、いろいろな局面で有利にはたらくので、ぜひとも身につけてもらいたい。論理的な思考力と問題を分解して考える能力は、ゲノム解析に限らずありとあらゆる場面で必要である。 ・解析するデータを自ら持ち込むことも可。

学生の問い合わせ先
yura.kei@ocha.ac.jp