科目名 Course Title	生命情報プログラミング演習［24C4145］ Practice for Computational Biology
科目区分・科目種	生物学科	クラス	生物学科
コンピテンシー	○協働力	ｶﾗｰｺｰﾄﾞ
単位数	1.0単位	履修年次	3年

担当教員	由良　敬
学期	３学期
曜日・時限・教室	木曜 1 〜 2 限 ITルーム3【理2･101】

受講条件・その他注意
プログラミングを実行できる環境を整えておいてください。自らのＰＣを持ち込んでもよいですし、大学のMacを利用してもよいです。

授業の形態
講義，実習・実技

教科書・参考文献
Python for Biologists https://pythonforbiologists.com/

ＡＬＨ区分
ＡＬＨ（自発的な学習時間枠）※を実施する

アクティブラーニングの技法
復習テスト

評価方法・評価割合
期末試験=50%，授業への参加態度=50%

主題と目標
本演習では、プログラムミング言語Pythonをもちいてプログラミングの基礎を習得し、その上で、ＤＮＡの塩基配列、アミノ酸配列、タンパク質立体構造データ、画像データなどの解析を実際に行う。プログラムミングによって、実験で得られるデータの基礎的な解析ができるようになることを目標とする。

授業計画
第1回	はじめに。 IDLEとプログラミング言語Pythonの基礎を学ぶ。
第2回	ループと条件文を用いたデータ解析を実施する。
第3回	関数とメソッドを取り込んだプログラムを作成する。
第4回	ALH:自ら作成したプログラムを用いて、ゲノムデータを解析する。
第5回	コンピュータリボソームを作成する。
第6回	共通祖先由来のアミノ酸配列を比較するプログラムを作成する。
第7回	生命科学の実験データを自動解析するプログラムを作成する＜その１＞
第8回	生命科学の実験データを自動解析するプログラムを作成する＜その２＞

時間外学習
プログラミングは慣れです。授業時間以外でもプログラミングで解決できる問題を自ら探し、実際にプログラムを作成してください。

学生へのメッセージ
本演習時間中に、プログラミングの間違いをたくさん経験することで、はじめてプログラミングができるようになります。どんどん間違いを発生させてください。