科目名 Course Title	計算生物学(2)［24N3031］ Introduction to Computational Biology (2)
授業言語 Language	Japanese
科目区分・科目種	全学共通科目	クラス	全学科
コンピテンシー	○創造的思考力	ｶﾗｰｺｰﾄﾞ
単位数	1.0単位	履修年次	1〜4年

担当教員	由良　敬
	オベル加藤　ナタナエル
学期	４学期
曜日・時限・教室	火曜 9 〜 10 限 共通講義棟1号館205室

(1)、(2)が付く科目の履修方法
この科目は、(1)及び(2)を連続して履修してください（シラバスは両方とも確認してください）。 ただし留学により連続して履修できない場合は、担当教員に申し出てください。

受講条件・その他注意
線形代数、微分積分、基礎分子生物学をすでに受講していることが望ましいが必須ではない。計算生物学（１）を履修した後に受講すること。

授業の形態
講義，演習

教科書・参考文献
タンパク質の立体構造入門――基礎から構造バイオインフォマティクスへ (KS生命科学専門書)

ＡＬＨ区分
ＡＬＨ（自発的な学習時間枠）※を実施する

アクティブラーニングの技法
復習テスト

評価方法・評価割合
期末試験=70%，小論文（レポート）=20%，授業への参加態度=10%

主題と目標
計算生物学では、ゲノム塩基配列データやタンパク質構造データ、遺伝子発現データをどのように扱うことで、新しい発見ができるかを講義します。毎回の授業のはじめに解くべき問題を提示し、その解き方を解説し、解いた結果得られる生命科学の知見を解説します。取り扱う問題は以下の通りです。ゲノム塩基配列からの遺伝子発見、アミノ酸配列の類似性検索、アラインメント、系統樹作成、タンパク質構造の記述と比較、タンパク質の構造変化など。物理化学や空間幾何学、統計検定、検索技術の基礎があれば授業の理解が容易になりますが、できるだけ授業時間内に基礎から説明するようにします。受講生諸君の理解を確かめるために、授業時間内に頻繁に質問をします。受講生諸君からの質問はいつでも受けます。

授業計画
第1回	はじめに。 タンパク質の立体構造をどのように記述するのかを理解する。
第2回	タンパク質の立体構造をどのように予測するのかを理解する。
第3回	ALH:タンパク質の立体構造を予測してみよう。
第4回	タンパク質のダイナミクスを計算する。
第5回	タンパク質の立体構造がどのように進化（変化）するかを理解する。
第6回	タンパク質の機能をどのように予測するのかを理解する。
第7回	タンパク質の立体構造は本当に必要なのかを検討する。
第8回	理解度を測定する（期末試験）。

時間外学習
生命科学の現象には、実験ではなく、計算科学的な手法で理解できることがたくさんあります。それらを探して、実際に計算をしてみてください。

学生へのメッセージ
授業には積極的に参加してください。考えながら講義に参加し、疑問がわいたらその場で質問をしましょう。後から質問をされても、コンテクストがわからなくなっているので、答えることができません。

学生の問い合わせ先
理学部１号館６階６１１室